Sekolah Xaverius didirikan oleh seorang Pastor Theodorus Borst SCJ, seorang yang mempunyai perhatian besar terhadap dunia Pendidikan, pada bulan Februari 1963 beliau mendapatkan lokasi Tanah seluas 10.310 yang berada di Jalan Bukit Pesagi Kampung Kota Alam Kelurahan Tanjung Aman Kotabumi, hasil pembelian dari Bapak Batin Imam.
Berawal dari 3 lokal Xaverius Kotabumi memulai kegiatan belajar mengajarnya. Bapak J.Priyono yang sebagai Tenaga Pengajar dan sekaligus sebagai Kepala Sekolah SMP Xaverius Kotabumi yang pertama meniti karir bersama-sama dengan dengan guru-guru lainya. Pengabdian dan Dedikasi tinggi harus mereka terapkan agar dapat membawa Xaverius Kotabumi tampil dengan ciri khasnya dan dikenal ditengah masyarakat, serta memberi warna di Dunia Pendidikan.
